Institut 49 upravlja svet instituta, ki ima do 4-5 članov. Člani izmed sebe izvolijo predsednika. Njihov mandat traja štiri leta.
Svet ima naslednje pristojnosti:
– sprejema statut instituta in njegove spremembe (s soglasjem ustanovitelja),
– sprejema interne akte instituta ter njihove spremembe, kadar ni določeno, da jih sprejme direktor,
– odloča o pristojnostih instituta,
– sprejema program dela in razvoja instituta ter spremlja njuno izvrševanje,
– sprejema poslovni in finančni načrt ter zaključni račun instituta,
– odloča o načinu razpolaganja s finančnim presežkom instituta,
– oblikuje ustanovitelju in direktorju predloge in mnenja o posameznih vprašanjih,
– opravlja druge z zakonom, ustanovnim aktom instituta ali statutom določene zadeve.